『 科警研 』 が犯罪捜査の進歩に大きな貢献をしたことが認められ、
警察庁副長官・川瀬要三 (大林丈史) が表彰のためにやってくることになった。
ところが、九十九 (木村拓哉) をはじめとする科警研のメンバーが玄関先で
出迎えようとしたとき、目の前で副長官が何者かにライフルで撃たれてしまう。
警察はすぐさま近隣のビルを封鎖して厳戒態勢に入るが、犯人はなかなか捕まらない。
九十九は、狙撃現場に残された、血で×印の描かれたハンカチを見て、
これは 「 自分たちへの挑戦状 」 だと気がつく。
日が変わり、今度は元警視庁の捜査一課・刑事部長を務めた
衆議院議員・尾崎幸平 (浜田晃) が誘拐された。
尾崎の車にも血で×印が描かれたハンカチが残されていたため、警察は
副長官射殺事件と同一犯の犯行であると断定。犯人は 「 48時間以内に
尾崎を処刑する 」
との声明文を出すのだが… !?
さらに、刻々と時間が過ぎていくなか、ついに第三の誘拐が起こってしまう。

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